Кроме того, в соответствии с главой 41 Гражданского кодекса Российской Федерации транспортно - экспедиционные услуги могут выполняться предприятиями федерального железнодорожного транспорта по договору транспортной экспедиции. Классификация экспедиторских услуг, общие требования к их качеству определяются в соответствии с требованиями ГОСТ Р 51133-98 "Экспедиторские услуг на железнодорожном транспорте. Общие требования".
Базой для определения уровня договорных тарифов являются расходы железной дороги по осуществлению соответствующих операций.
Максимальный размер договорного тарифа определяется на основе экономически обоснованной себестоимости выполнения работ и услуг с учетом необходимого уровня рентабельности. При этом уровень рентабельности не может превышать 35% по отношению к расходам.
Состав затрат, включаемых в себестоимость при формировании договорных тарифов, определяется в соответствии с Положением о составе затрат по производству и реализации продукции (работ, услуг), включаемых в себестоимость продукции (работ, услуг), и о порядке формирования финансовых результатов, учитываемых при налогообложении прибыли, утвержденным Постановлением Правительства Российской Федерации от 5 августа 1992 г. N 552 (указание МПС России от 27.08.1992 N 521пр-у).

В условиях развития рыночных отношений в транспортной деятельности при установлении договорных тарифов необходимо учитывать сложившийся уровень цен на аналогичные услуги у возможных конкурентов, а также финансовые возможности грузоотправителей и грузополучателей. Поэтому в ряде случаев размер договорного тарифа целесообразно снизить по сравнению с его максимально допустимым уровнем, чтобы обеспечить наибольший объем заказов, доходов и прибыли.
Работа по регулированию договорных тарифов должна проводиться одновременно с изучением транспортного рынка, платежеспособного спроса на предлагаемые работы и услуги, с выделением тех сегментов, где имеет место или может возникнуть конкуренция с другими предприятиями. При этом крайне важно правильно определить тенденции в развитии конкурентных предприятий и возможное их влияние на конъюнктуру рынка для конкретного вида транспортных услуг.
Перечни работ и услуг, выполняемых железными дорогами по просьбам грузоотправителей, грузополучателей, ставки договорных тарифов утверждаются в порядке, установленном начальником железной дороги, и оформляются в виде сборников, прейскурантов и т.п. и доводятся до сведения причастных работников, грузоотправителей, грузополучателей.
Договорные тарифы могут устанавливаться в различных формах: в виде провозных плат в зависимости от расстояния, надбавок (коэффициентов) к прейскурантному тарифу, ставок сборов, плат и т.п. В тех случаях, когда дополнительные работы и услуги носят разовый, нерегулярный характер или расходы по их осуществлению значительно различаются в зависимости от конкретных условий, величина договорного тарифа может устанавливаться отдельно для каждого конкретного случая (без разработки унифицированных прейскурантов).
Уровень договорных тарифов фиксируется в протоколе (договоре) согласования, который подписывается руководителями предприятия федерального железнодорожного транспорта и предприятия - заказчика работ, услуг. По просьбе заказчика работ, услуг ему предоставляется калькуляция для ознакомления.
В тех случаях, когда указанные предприятия не имеют возможности подписать протокол (договор) согласования договорных тарифов, протокол (договор) может быть заключен путем обмена документами, подтверждающими согласие сторон (телефонограмма, телеграмма, телекс, телефакс и т.п.).