Если агентский договор, то денежные средства перечисленные на транзитный счет (за коммунальные услуги) доходом управляющей организации не являются (см. например - ТСЖ на УСН: агентский договор на сбор денежных средств на содержание и ремонт общего имущества уменьшит налог).

Если догвоор поставки, продажи и т.д., то денежные средства перечисленные на транзитный счет (за коммунальные услуги) доходом управляющей организации являются (см. например - порядок учета ТСЖ сумм платежей за жилищно-коммунальные услуги, поступающие от собственников жилья)