Ну, обычно, оплачивает доверенное лицо от имени учредителей (то есть должно быть решение собрания собственников о создании ТСЖ и наделении определенного лица полномочиями по организации госрегистрации)
По личному опыту: налоговики даже и не смотрят от кого платеж (им важно - за что платеж, и предоставление оригинала)